Везде

ОБНБиология внутренних вод Inland Water Biology

  • ISSN (Print) 0320-9652
  • ISSN (Online) 3034-5227

Характеристика и филогенетическое значение полного митохондриального генома Clupeonella cultriventris (Actinopterygii: Clupeiformes) – чужеродного вида рыб Рыбинского водохранилища (р. Волга)

Вы можете
Код статьи
S0320965225010191-1
DOI
10.31857/S0320965225010191
Тип публикации
Статья
Статус публикации
Опубликовано
Авторы
Карабанов Д. П.
  • Аффилиация: Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук
Том/ Выпуск
Том 18 / Номер выпуска 1
Страницы
219-225
Аннотация
Черноморско-каспийская тюлька (килька, сарделька) Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) (Actinopterygii: Clupeiformes) – мелкий пелагический вид, самый массовый из чужеродных видов рыб Волжско-Камского бассейна, являющийся одним из ключевых элементов трофических сетей в пресноводных экосистемах. В работе приведена характеристика полного митохондриального генома черноморской-каспийской тюльки из однозначно адвентивной популяции Верхней Волги (58°23ʹ19ʹʹ с.ш., 38°19ʹ37ʹʹ в.д.). Определение ваучера было выполнено как по морфологическим признакам, так и по идентичности последовательностей ДНК в международной базе данных NCBI GenBank. Для секвенирования полного митохондриального генома было использовано классическое секвенирование по Сэнгеру с ПЦР-продукта от набора из 48 пар праймеров, дающих полное перекрывание и однозначное прочтение каждого нуклеотида не менее чем в двух повторностях. Проаннотированный полный митогеном C. cultriventris длиной 16650 пн с консервативным для сельдевых рыб расположением генов содержит 22 транспортные РНК, 13 белок-кодирующих генов, две рибосомальные РНК и одну некодирующую область. Полученный митохондриальный геном демонстрирует сходство в 98.7% с изученным ранее вариантом из Каспийского моря. Исходя из этих данных, нет достаточных оснований к выделению пресноводных тюлек Волжско-Камского региона в отдельный таксон.
Ключевые слова
Clupeiformes черноморско-каспийская тюлька Clupeonella cultriventris чужеродные виды митохондриальный геном геномика
Дата публикации
18.09.2025
Год выхода
2025
Всего подписок
0
Всего просмотров
14

Библиография

  1. 1. Curole J.P., Kocher T.D. 1999. Mitogenomics: digging deeper with complete mitochondrial genomes // Trends in ecology and evolution. V. 14. № 10. P. 394. https://doi.org/10.1016/S0169-5347 (99)01660-2
  2. 2. FAO yearbook. 2023. Fishery and Aquaculture Statistics 2020. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, Italy. https://doi.org/10.4060/cc7493en
  3. 3. Froese R., Pauly D., 2023. FishBase. World Wide Web electronic publication: www.fishbase.org, version 10/2023. www.fishbase.org (accessed 10 January 2024).
  4. 4. Grant J.R., Enns E., Marinier E. et al. 2023. Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes // Nucleic Acids Res. V. 51. № W1. P. W484. https://doi.org/10.1093/nar/gkad326
  5. 5. Hebert P.D.N., Stoeckle M.Y., Zemlak T.S., Francis C.M. 2004. Identification of birds through DNA barcodes // PLoS Biol. V. 2. № 10. P. e312. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0020312
  6. 6. Karabanov D.P., Bekker E.I., Pavlov D.D. et al. 2022. New sets of primers for DNA identification of non-indigenous fish species in the Volga-Kama basin (European Russia) // Water. V. 14. № 3. P. e437. https://doi.org/10.3390/w14030437
  7. 7. Karabanov D.P., Kodukhova Y.V. 2018. Biochemical polymorphism and intraspecific structure in populations of Kilka Clupeonella cultriventris (Nordmann, 1840) from natural and invasive parts of its range // Inland Water Biol. V. 11. № 4. P. 496. https://doi.org/10.1134/S1995082918040107
  8. 8. Karabanov D.P., Pavlov D.D., Dgebuadze Y.Y. et al. 2023. A dataset of non-indigenous and native fish of the Volga and Kama Rivers (European Russia) // Data. V. 8. № 10. P. 154. https://doi.org/10.3390/data8100154
  9. 9. Kasyanov A.N. 2009. Study of some meristic features in the Black Sea Caspian kilka (Clupeonella cultriventris, Clupeidae) introduced in Volga River reservoirs // J. Ichthyol. V. 49. № 8. P. 642. https://doi.org/10.1134/S0032945209080086
  10. 10. Kiyashko V.I., Karabanov D.P., Yakovlev V.N., Slyn’ko Y.V. 2012. Formation and development of the Black Sea-Caspian kilka Clupeonella cultriventris (Clupeidae) in the Rybinsk reservoir // J. Ichthyol. V. 52. № 8. P. 537. https://doi.org/10.1134/S0032945212040042
  11. 11. Kottelat M., Freyhof J. 2007. Handbook of European freshwater fishes. Cornol: Publications Kottelat.
  12. 12. Lavoue S., Miya M., Musikasinthorn P. et al. 2013. Mitogenomic evidence for an Indo-West Pacific origin of the Clupeoidei (Teleostei: Clupeiformes) // PLoS ONE. V. 8. № 2. P. e56485. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056485
  13. 13. Lavoue S., Miya M., Saitoh K. et al. 2007. Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences // Molecular phylogenetics and evolution. V. 43. № 3. P. 1096. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2006.09.018
  14. 14. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. 2012. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. V. 28. № 8. P. 1166. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
  15. 15. Phillips J.D., Gillis D.J., Hanner R.H. 2022. Lack of statistical rigor in DNA barcoding likely invalidates the presence of a true species’ barcode gap // Frontiers in ecology and evolution. V. 10. P. 859099. https://doi.org/10.3389/fevo.2022.859099
  16. 16. Reshetnikov Y.S., Bogutskaya N.G., Vasil’eva E.D. et al. 1997. An annotated check-list of the freshwater fishes of Russia // J. Ichthyol. V. 37. № 9. P. 687.
  17. 17. Rheindt F.E., Bouchard P., Pyle R.L. et al. 2023. Tightening the requirements for species diagnoses would help integrate DNA-based descriptions in taxonomic practice // PLoS Biol. V. 21. № 8. P. e3002251. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002251
  18. 18. Sato K., Akiyama M., Sakakibara Y. 2021. RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration // Nature Commun. V. 12. № 1. P. 941. https://doi.org/10.1038/s41467-021-21194-4
  19. 19. Satoh T.P., Miya M., Mabuchi K., Nishida M. 2016. Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes // BMC Genomics. V. 17. № 1. P. 719. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3054-y
  20. 20. Svetovidov A.N. 1963. Clupeidae: Fauna of U.S.S.R. – Fishes. V. II. Number 1. Jerusalem, Israel: Israel Program for Scientific Translations.
  21. 21. Tamura K., Stecher G., Kumar S. 2021. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 // Mol. Biol. and Evol. V. 38. № 7. P. 3022. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
  22. 22. Wang Q., Purrafee Dizaj L., Huang J. et al. 2022. Molecular phylogenetics of the Clupeiformes based on exon-capture data and a new classification of the order // Molecular Phyl. and Evol. V. 175. P. 107590. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107590
  23. 23. Whitehead P.J.P. 1985. FAO species catalogue. Volume 7 – Clupeoid fishes of the World (suborder Clupeoidei). Part 1 – Chirocentridae, Clupeidae and Pristigasteridae. Rome, Italy: Food and Agriculture Organization of the United Nations.
  24. 24. Yang C.-H., Chang H.-W., Ho C.-H. et al. 2011. Conserved PCR primer set designing for closely-related species to complete mitochondrial genome sequencing using a sliding window-based PSO algorithm // PLoS ONE. V. 6. № 3. P. e17729. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017729
  25. 25. Zhu T., Sato Y., Sado T. et al. 2023. MitoFish, MitoAnnotator, and MiFish Pipeline: updates in 10 years // Mol. Biol. and Evol. V. 40. № 3. Р. 035. https://doi.org/10.1093/molbev/msad035
QR
Перевести

Индексирование

Scopus

Scopus

Scopus

Crossref

Scopus

Высшая аттестационная комиссия

При Министерстве образования и науки Российской Федерации

Scopus

Научная электронная библиотека